武汉康测科技有限公司

该工具检测RNA修饰主要分为两个阶段：1. 从头预测模型（de novo model）利用二元分类器识别可能存在修饰的kmer；2. 修饰推断模型（Modification inference model）使用注意力机制的多修饰标签神经网络来推测具体修饰类型和位点。获得高准确度、高阳性率的二代RNA修饰测序训练数据，是保证RNA修饰推断模型可靠性的关键。康测科技为本研究提供了所有二代RNA修饰测序技术服务，包括：ac4C acRIP-seq、m1A meRIP-seq、m5C meRIP-seq、hm5C meRIP-seq、m6A meRIP-seq、m7G meRIP-seq、PA-Ψ-seq和三代Nanopore DRS。

基因亚型（isoform）由选择性剪接产生，是人类转录组多样性与功能精细调控的核心来源。研究表明，超过 95% 的多外显子基因可产生两种以上亚型，其表达比例的变化与发育时序、细胞命运决定以及多种疾病机制密切相关。然而，在基因亚型层面进行准确定量仍面临根本性挑战：短读长 RNA 测序（RNA-seq）因读长限制，大量读段无法跨越完整转录本，导致不同亚型间出现广泛的比对歧义（alignment ambiguity），从而引入显著的反卷积误差（图1）；尽管长读长测序技术（如 PacBio 和 Oxford Nanopore）可显著降低比对不确定性，但其当前通量相对较低，在低表达基因中易出现采样误差（sampling error），同样限制了定量准确性。因此，如何系统评估每种基因的“可定量难度”并在实验设计阶段即加以优化，成为领域内亟待解决的关键问题。

自上世纪50年代第一个RNA假尿嘧啶修饰（Pseudouridine, Ψ）发现以来，迄今已在RNA上发现了超过170种不同类型的修饰。这些修饰广泛存在于ncRNA，特别是rRNA和tRNA中，近来的研究发现mRNA也存在着丰富的RNA修饰。2023年更是因为发现核苷碱基修饰在新冠病毒（COVID - 19）mRNA疫苗开发过程中的作用，Katalin Karikó和Drew Weissman被授予诺贝尔生理或医学奖。这无疑提示了RNA表观遗传在生物医学研究领域的重要地位，也揭开了RNA修饰研究的新篇章。

本研究利用ONT测序技术，对斑马鱼KM进行了全基因组DNA甲基化分析，比较了有无红细胞污染的样本，建立了全面的甲基化图谱。研究结果表明，ONT测序在CpG位点覆盖率和数据质量方面均优于传统WGBS方法，为斑马鱼造血系统的表观遗传研究提供了可靠的数据支持。

他们将DRS技术与RNA-seq和表观遗传学标记分析相结合，构建了一个全新的基因组注释框架，旨在为四膜虫基因组的精准注释开辟一条全新的道路。