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做RNA修饰的大概都有这个感觉：拿到差异修饰位点列表那一刻是兴奋的，但"这个位点到底长什么样、它在基因组上处于什么上下文"——才是真正决定后续功能研究能不能走通的关键。

经典生物学认为线粒体是细胞代谢的核心，而细胞核则是整合信号、控制基因表达的中枢。两个不同功能分区代谢和表观调控的关系是如何直接建立起来的？

为弥补短读测序无法解析全长异构体的短板，研究采用Nanopore原生长读测序绘制静息、LPS活化人单核细胞全长转录图谱，鉴定上万全新转录亚型。证实免疫刺激会驱动全局剪接重编程，细胞定向富集高功能异构体，以NLRP3佐证剪接调控炎症，为自身免疫病剪接靶向疗法提供理论依据与数据资源。

——从找到Peak走向可验证的调控机制

单细胞水平上同时捕获T细胞的转录组 (RNA) 和T细胞受体 (TCR) 序列，已成为解析肿瘤微环境中T细胞异质性、克隆扩增和功能状态的关键技术。

针对Persister细胞研究中基因表达变化不显著的痛点，单细胞全长转录组提供了解析Isoform重编程的全新路径。结合纵向队列、全长测序与空间验证，该技术方案能系统揭示耐药演化过程中的转录本结构异质性。

游离于染色体之外的环状DNA（ecDNA）是驱动肿瘤基因爆发式表达与肿瘤耐药性的核心因素。

肿瘤免疫治疗常面临“免疫浸润但应答无效”的表型矛盾，提示传统基因表达水平之外，可变剪接所致异构体（Isoform）多样性可能参与调控免疫逃逸。针对此问题，本文提出四步研究策略：① 常规单细胞转录组测序锁定表型矛盾相关的关键细胞亚群；② 单细胞全长转录组测序精细解析免疫检查点及相关基因的异常剪接事件与异构体；③ 高分辨率空间转录组验证候选异构体在肿瘤-免疫界面的原位富集特征；④ 通过剪接干预在共培养体系中完成功能闭环验证。该策略核心观点：肿瘤免疫状态不仅取决于基因表达量，更取决于转录本“如何表达”；解析剪接异质性有望揭示耐药新机制，为识别“伪热肿瘤”及开发剪接靶向协同治疗提供新路径。

三代转录组关联分析：从读懂基因表达到读懂表观调控网络

自2019年芝加哥大学赵英明教授团队在《Nature》上首次报道组蛋白乳酸化修饰（Histone Lactylation, Kla）以来，乳酸——这个曾经被认为是糖酵解代谢废弃物的分子，彻底颠覆了生命科学界的认知，一跃成为连接细胞代谢与表观遗传调控的核心纽带。近年来，组蛋白乳酸化在肿瘤免疫微环境、巨噬细胞极化、神经发育及心血管疾病等研究中频频大放异彩。

同样是甲基化测序，有人一次测序同时拿到5mC、5hmC、6mA多种修饰的数据，甚至还有结构变异信息，有人做完WGBS还要补一套oxBS，在亚硫酸氢盐处理和数据缺口之间反复折腾。这背后的技术逻辑值得详细拆解。

单细胞全长转录组测序：从读懂基因表达到读懂剪接调控

在表观遗传学的无垠星空中，H3K4me3（组蛋白H3第4位赖氨酸三甲基化）无疑是最璀璨的明星之一。

可变剪接研究新标杆 —— 单细胞全长转录，直击心衰、心脏发育、结直肠癌三大研究方向，精准解析剪接异常机制，挖掘疾病标志物与新药靶点！

随着全球变暖，热应激（Heat Stress）对机体代谢的长期损害已成为严重的公共卫生问题。2026年4月21日，中南大学湘雅医院内分泌科罗湘杭教授、黄燕副研究员、周海燕教授团队联合山东省立医院赵家军教授团队在Cell（IF 42.5）上发表了题为“A skin-hypothalamus axis couples heat stress and metabolic dysfunction”的研究文章。本研究首次发现，皮肤受热后分泌的KLK14可通过血脑屏障作用于下丘脑特异性的LRRC+星形胶质细胞。通过调控6mA去甲基化酶ALKBH1表达水平，诱导全基因组范围内的表观遗传重编程，包括DNA 6mA修饰改变与染色质可及性重塑，建立起持久的表观遗传“热记忆”。这种重编程激活了γ-氨基丁酸（GABA）合成通路，进而抑制下丘脑PVN催产素（OXT）神经元的活性，最终导致全身脂肪沉积和代谢紊乱。研究还发现，维生素A可通过抑制皮肤KLK14的产生来有效阻断该通路，为缓解热应激相关的代谢疾病提供了潜在干预策略。康测科技为本研究提供6mA meDIP-seq、ATAC-seq技术服务。

去势抵抗性前列腺癌（CRPC）是前列腺癌治疗的重大挑战，其中雄激素受体（AR）信号的持续激活是疾病进展的关键驱动因素。目前针对AR的治疗策略（如恩杂鲁胺）最终会产生耐药性，因此迫切需要开发新的治疗靶点。

该工具检测RNA修饰主要分为两个阶段：1. 从头预测模型（de novo model）利用二元分类器识别可能存在修饰的kmer；2. 修饰推断模型（Modification inference model）使用注意力机制的多修饰标签神经网络来推测具体修饰类型和位点。获得高准确度、高阳性率的二代RNA修饰测序训练数据，是保证RNA修饰推断模型可靠性的关键。康测科技为本研究提供了所有二代RNA修饰测序技术服务，包括：ac4C acRIP-seq、m1A meRIP-seq、m5C meRIP-seq、hm5C meRIP-seq、m6A meRIP-seq、m7G meRIP-seq、PA-Ψ-seq和三代Nanopore DRS。

基因亚型（isoform）由选择性剪接产生，是人类转录组多样性与功能精细调控的核心来源。研究表明，超过 95% 的多外显子基因可产生两种以上亚型，其表达比例的变化与发育时序、细胞命运决定以及多种疾病机制密切相关。然而，在基因亚型层面进行准确定量仍面临根本性挑战：短读长 RNA 测序（RNA-seq）因读长限制，大量读段无法跨越完整转录本，导致不同亚型间出现广泛的比对歧义（alignment ambiguity），从而引入显著的反卷积误差（图1）；尽管长读长测序技术（如 PacBio 和 Oxford Nanopore）可显著降低比对不确定性，但其当前通量相对较低，在低表达基因中易出现采样误差（sampling error），同样限制了定量准确性。因此，如何系统评估每种基因的“可定量难度”并在实验设计阶段即加以优化，成为领域内亟待解决的关键问题。

自上世纪50年代第一个RNA假尿嘧啶修饰（Pseudouridine, Ψ）发现以来，迄今已在RNA上发现了超过170种不同类型的修饰。这些修饰广泛存在于ncRNA，特别是rRNA和tRNA中，近来的研究发现mRNA也存在着丰富的RNA修饰。2023年更是因为发现核苷碱基修饰在新冠病毒（COVID - 19）mRNA疫苗开发过程中的作用，Katalin Karikó和Drew Weissman被授予诺贝尔生理或医学奖。这无疑提示了RNA表观遗传在生物医学研究领域的重要地位，也揭开了RNA修饰研究的新篇章。

本研究利用ONT测序技术，对斑马鱼KM进行了全基因组DNA甲基化分析，比较了有无红细胞污染的样本，建立了全面的甲基化图谱。研究结果表明，ONT测序在CpG位点覆盖率和数据质量方面均优于传统WGBS方法，为斑马鱼造血系统的表观遗传研究提供了可靠的数据支持。