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ATAC-seq分析流程及分析软件

前期的研究表明，RIPK4 基因突变会导致巴索卡-帕帕斯综合征 ( BPS)，表现为颅 面、生殖器官和全身皮肤异常。

全基因组甲基化测序（Whole Genome Bisulfite Sequencing，WGBS）是将亚硫酸氢盐（Bisulfite）处理 方法和 Illumina 高通量测序平台相结合，对有参考基因组信息的物种进行全基因组范围内的甲基化水平的 测序。Bisulfite 处理能够将基因组中未甲基化的胞嘧啶转化成尿嘧啶，从而与甲基化的胞嘧啶区分开来，因 此成为表观遗传学研究的经典实验方法。

我们始终认为，让缺乏时间和精力、缺乏齐全的仪器设备、也没有多年的实验技术积累的临床医生进行基础科研，和生物学家PK是不公平的。但是临床医生也有自己天然的优势，那就是临床病理样本资源。充分利用这些资源进行临床科研，不但可以不落下风，研究成果往往具有更大的应用前景。今天我们就跟大家分享一篇发表在The Journal of Clinical Investigation上的文章，学习一下如何选择和利用临床样本作出高水平且有临床意义的工作。

1.Direct RNA测序是基于Nanopore测序平台（纳米孔测序），第一次实实现转录组水平的RNA直接测序

目前抑制新冠肺炎（COVID-19）引起的细胞因子风暴成为治疗重症COVID-19患者最重要的手段之一。韩国科学技术院近期在国际期刊Science Immunology上发表了一篇关于新冠细胞因子风暴成因的文章，为驱动疾病恶化的因素提供了新的见解。 

目前对于m6a修饰的研究主要与mRNA前体的剪接、调控mRNA翻译、影响mRNA的稳定性等相关，是生命科学的热门研究领域，今天就给大家带来一种全新的调控机制。

这是一篇典型的临床研究的范例，充分发挥了样本和资源优势。除了样本外，整体的实验设计、实验手段都没有难度，数据挖掘也非常简单。但其带来的临床价值并不逊于精巧严密的机制研究。

一个转录因子应该调控多少个基因？一个转录因子的Chip-seq，应该有多少个靶基因是正常的？其中又有多少是直接调控的？怎么获取直接调控的基因，也就是这里的基础靶基因？

ATAC-seq、ATAC、染色质开发区域、植物ATAC