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RIPK4-IRF6信号轴是以转录形式调控表皮细胞的脂质合成从而维持皮肤屏障的正常功能

circRNA

lncRNA

绝对定量 数字标签 meRIP-seq UMI 低起始量

BS-seq 甲基化

ATAC-seq RNA-seq

lncRNA

一、circRNA

BS-seq、RNA-seq、sRNA-seq

ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq

digital RNA-seq 绝对定量转录组

互作转录组测序 dual RNA-seq

MeRIP测序 m6A修饰

今天小编跟大家分享一篇利用多组学联合分析研究基因突变对癌症发生、发展的经典案例。这篇文章发表在2019年7月26日的Nature杂志上，主要由美国凯特琳癌症中心Sawyers课题组完成，文章使用ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq等多项前沿测序技术系统阐述转录因子FOXA1突变对自身功能及前列腺癌的影响。

互作组学测序 CHIP测序

RNA-Binding Proteins，RBP（RNA结合蛋白）在转录后调控中扮演着不可或缺的角色，它具有结构多样的RNA结合域，因此能够参与调控多种转录机制。RBP如何参与mRNA的调控，其异常调控又如何与癌症相关？

ceRNA调控网络通常涉及多种类型的RNA分子，所以可以使用使用全转录组测序、分析多种RNA表达情况、构建共表达分析网络的研究策略。

物种间存在广泛的相互作用关系，比如，豆科植物与根瘤菌的之间的互利共生，肠道微生物、土壤微生物之间的共生或竞争关系、寄生菌与宿主之间的寄生关系等等。普通的转录组只能研究单一物种的信息，不仅浪费一部分数据，而且在分离中也会对样本本身造成一定的影响。

1984年，科学家Tak Wah Mak和Mark M.Davis分别发现了人类和小鼠的TCR，证实了TCR的存在，并揭示了TCR的结构，使得世界各地的科学家能够对TCR进行探索，从而在CAR-T、免疫检查点抑制等癌症免疫治疗领域开展研究。TCR的复杂度和多样性影响肿瘤细胞的识别、与免疫治疗相关。此外异常的TCR多样性还影响自身免疫疾病、免疫缺陷疾病、过敏反应、器官移植排斥等多种疾病的发生、发展。

三四十页的转录组的测序报告不知该如何入手，众多分析结果不知该关注哪些？今天我们就从RPKM到KEGG，慢慢给你讲解。